Основное направления внутриполитического курса В. В. Путина: новые акценты.

Первым указом Путина стал Указ о предоставлении Президенту, «прекратившему исполнение своих полномочий, и членам его семьи» пожизненных гарантий неприкосновенности.

Для кадровой политики Администрации Президента при Владимире Путине было характерно назначение на ответственные посты многочисленных бывших соучеников Путина по университету, сослуживцев по ГДР, коллег по работе в бывшем Ленинграде — и вообще представителей «петербургской команды». В феврале 2006 года В. Сурковым была выдвинута концепция суверенной демократии, которая в интерпретации её автора заключается в том, что политика Президента должна в первую очередь пользоваться поддержкой большинства населения в самой России; такая поддержка большинства и составляет главный принцип демократического общества.

Во внутренней политике президент Путин проводил последовательный и жёсткий курс на централизацию и укрепление «вертикали» власти.

Первым серьёзным изменением в конституционно-политической системе страны было осуществлённое в августе 2000 года изменение порядка формирования Совета Федерации, в результате которого губернаторы и главы законодательной власти регионов, до того бывшие членами СФ по должности, были заменены назначенными представителями; последние должны работать в СФ на постоянной и профессиональной основе (при этом одного из них назначает губернатор, а второго — законодательный орган региона). В качестве некоторой компенсации утерянных губернаторами лоббистских возможностей был создан совещательный орган — Государственный совет.

Через несколько дней после событий в Беслане в сентябре 2004 года Путин «с целью усиления борьбы с терроризмом» объявил о намерении отменить выборы глав регионов, что было осуществлено вопреки мнению большинства граждан страны; также был осуществлён переход к выборам депутатов Государственной Думы исключительно по партийным спискам. Вместе с предыдущей реформой Совета Федерации это фактически означало переход от федеративного к унитарному государственному устройству: территориальное представительство в Государственной думе было упразднено, половина членов Совета Федерации стали назначаться губернаторами, в свою очередь назначаемыми президентом.

В декабре 2003 по итогам выборов в Государственную Думу большинство мест получила пропрезидентская партия «Единая Россия» (при этом Борис Грызлов стал Председателем Госдумы). Второе, третье и четвёртое места заняли КПРФ, ЛДПР и блок «Родина», соответственно. Победив на выборах и приняв в свой состав большинство независимых депутатов, прошедших по одномандатным округам, всех депутатов от Народной партии и «перебежчиков» из других партий, «Единая Россия» получила конституционное большинство, что позволило ей не считаться с мнением оппозиционных партий.

Весной 2005 был принят закон о выборах в Госдуму исключительно по партийным спискам. Затем Госдума приняла поправки к федеральному законодательству, позволяющие партии, победившей на выборах в региональный парламент, предлагать Президенту России свою кандидатуру на губернаторский пост. В подавляющем большинстве регионов это право принадлежит «Единой России». Массовый характер принял процесс вступления губернаторов в партию власти. На начало 2007 членами партии являлись 70 из 86 руководителей российских регионов. Членами «Единой России» являются также топ-менеджеры крупных промышленных предприятий, руководители государственных вузов и их структурных подразделений, высшие чиновники федеральных и региональных органов власти.

В качестве положительных результатов политики Путина обычно называются укрепление государственной системы, стабилизация общественно-политической ситуации в России; в качестве отрицательных — утверждается, что произошло подавление гражданских прав и свобод и демократических институтов, ликвидация гражданского общества, сверхцентрализация, усиление бюрократии. Внутренняя политика президента подвергалась жёсткой критике как многими СМИ, так и политическими деятелями, особенно за пределами России. Ряд событий (давление на некоторые СМИ, насилие в отношении ряда журналистов), произошедших в период президентства Путина, некоторые организации трактовали как ущемление свободы слова. По мнению самого Путина, критика его правления объясняется двумя причинами: «Это поддержка тех сил в России, которые некоторые западные политики считают прозападными, а вторая цель — сделать Россию более податливой в вопросах, не связанных ни с демократией, ни с правами человека — разоружение, ПРО, Косово».