Секвенирование нового поколения — техника определения нуклеотидной последовательности ДНК и РНК для получения формального описания ее первичной структуры. Технология методов секвенирования нового поколения (СНП) позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома, что является главным отличием от более ранних методов секвенирования. СНП осуществляется с помощью повторяющихся циклов удлинения цепи, индуцированногополимеразой, или многократного лигирования олигонуклеотидов. В ходе СНП могут генерироваться до сотен мегабаз и гигабаз нуклеотидных последовательностей за один рабочий цикл. Все основные принципы работы технологий СНП базируются на секвенировании ДНК-чипов, используя интерактивные циклические ферментативные реакции с дальнейшим сбором полученной информации в виде иллюстраций. Полученные данные используются для восстановления нуклеотидной последовательности или, как для технологии SOLiD, динуклеотидных «цветов». Несмотря на разные методы получения копий (амплификация) участков генома и на техническую разницу дифференциации различных нуклеотидов в прочтённых последовательностях, общая схема работы для всех секвенаторов одна. Первый этап секвенирования — создание библиотеки случайных последовательностей ДНК, которые можно будет сшить с общедоступными адаптерными последовательностями. Второй этап — создание ампликонов с помощью ПЦР, которые будут использованы как образцы. Третий этап — определение первичной структуры всех фрагментов.
Методы: 1. пиросеквенирование (достоинства: длина прочтённых геномных участков, скорость; недостатки: стоимость, погрешность); 2. SBS (достоинства: эффективность; недостатки: стоимость); 3. ионный полупроводник (достоинства: стоимость, скорость; недостатки: погрешность); 4. секвенирование на основе лигирования ( дост: стоимость; недост: скорость); 5. HeliScope (дост: длина прочтённых геномных участков, скорость; недост: низкая производительность при желаемой малой погрешности; стоимость).
Поможем написать любую работу на аналогичную тему