Филогенетическая система классификации прокариот в «Руководстве Берджи по систематической бактериологии (2001-2007 гг.)».

В этом издании сделана попытка перехода к филогенетической классификации микроорганизмов на основании сравнения нуклеотидных последовательностей 16S рРНК. Предусмотрено деление на 3 домена (бактерии, археи и эукариоты), каждый домен делится на филумы, классы, роды, виды. Бактерии и археи имеют прокариотическое строение клеток, однако археи имеют особую структуру 16S рРНК, отличаются строением мембран и специфическими путями метаболизма, которые позволяют им выживать в экстремальных условиях. Классификация постоянно совершенствуется. Например, существуют загадочные L-формы, которые способны давать некоторые микроорганизмы после воздействия антибиотиков. Похожи на осколки клеток, фильтруются через бактериальные фильтры, при благоприятных условиях могут регенерировать в нормальные полноценные клетки.