Использование химического и ДНК-фингерпринтинга при дифференциации штаммов бактерий.

 Химический и ДНК-фингерпринтинг. «Фингерпринтинг» используется для оценки общей степени сходства, и представляет собой общий срез какого-то класса соединений, содержащихся в клетке, без идентификации отдельных компонентов. Фингерпринтинг может применяться для идентификации штаммов и видов бактерий.

На уровне ДНК фингерпринтинг это: (1) ПДРФ-анализ, (2) RAPD-анализ, (3) риботипирование.

«Химический фингерпринтинг» ^ (1) определение белкового состава клетки, (2) масс-спектрометрия продуктов пиролиза, (2) спектрофотомерия и инфракрасная фурье-спектроскопию (ИК-ФС).

Белковый состав. Применяется метод белковых профилей, когда электрофорезу подвергают растворимую фракцию белков. При этом клетки должны быть выращены в контролируемых условиях. Методы электрофореза белков: гелевый, двумерный, капиллярный.

Спектрофотометрия позволяет выявить спектр поглощения пигментами в видимой области. Применяется для изучения фотосинтезирующих бактерий и других пигментированных прокариот. ИК-ФС основан на выявлении максимумов поглощения веществ в инфракрасной области.

Пиролиз – разложение в инертной атмосфере под действием высоких температур или лазерного излучения. Например, при пиролизе расщепляются миколовые кислоты, что дает возможность изучения продуктов их расщепления методом газовой хроматографии. Другой путь анализа продуктов – масс-спектрометрия.

В конечном итоге штаммы группируются по степени сходства полученных профилей. При этом применяется фенетическая концепция общего сходства. Фингерпринтинг позволяет сравнивать большое количество штаммов с типовыми штаммами, т.е. определять бактерии до вида путем сравнения. Для раздела систематики, который оперирует категориями от рода и выше, фингерпринтинг обычно непригоден.