Группы признаков, используемых при описании видов

Нумерическая таксономия бактерий. Нумерическая (численная) таксономия, или фенетика – это объединение организмов в группы на основе большого количества фенетических (фенотипических) признаков, каждый из которых рассматривается как равноправный (невзвешенный). Конечная цель – объединение видов или штаммов в группы на основе математически определяемых расстояний (кластеризация). Для сравнения таксонов берут наибольшее число из возможных признаков. Сходство между таксонами будет пропорционально доле общих признаков. При этом объединение объектов в группы идет независимо от их филогении. Нумерическая таксономия помогла в усовершенствовании таксономии таких родов бактерий, как Bacillus, Mycobacterium, Vibrio. Объектами классификации являются операционные таксономические единицы; для бактерий ОТЕ выступают штаммы. Этапы нумерической классификации таковы: выбор ОТЕ, кодирование признаков (в большинстве случаев бинарно – 0 или 1), составление матрицы признаков, кластерный анализ матрицы с ординацией ОТЕ в 2-х (дендрограмма) или 3-мерном пространстве. В результате штаммы объединяются в таксовиды, представляющие отчетливый кластер при ординации.

Фенотипические признаки, используемые при идентификации бактерий до группы. Фенотипические признаки имеют свою иерархию, т.е. тот порядок, в котором они берутся в процессе определения бактерий до группы.

A. Морфология.

1. Форма клетки / наличие выростов на клетке (простеки, стебельки, нити, ленты).

2. Тип деления (почкование клеток). 3. Наличие чехлов, окружающих клетки.

4. Образование плодовых тел. 5. Образование эндоспор.

Б. Физиология.

6. Подвижность / расположение жгутиков.

7. Отношение к кислороду.

8. Тип движения (скользящее движение). Скользящее движение – передвижение по твердому субстрату без помощи жгутиков.

9. Тип питания, например:

a) осуществление оксигенного/аноксигенного фотосинтеза;

б) хемолитотрофия;

в) облигатный внутриклеточный паразитизм;

г) роль соединений серы в обмене веществ (напр., использование серы или ее окисленных соединений в качестве конечного акцептора электронов);

д) образование метана из водорода и углекислого газа;

е) сульфатредукция – образование сероводорода из сульфата.

9. Развитие в экстремальных условиях:

а) в условиях экстремального засоления;

б) экстремальная термофилия