Этапы построение филогенетического дерева. Элементы филогенетического дерева.

Роль алгоритма в построении филогенетического дерева. Достоверность топологии.

Графической иллюстрацией эволюционной истории служит филогенетическое дерево. Элементами дерева являются внутренние узлы, терминальные точки, или узлы (=ОТЕ), ребра (ветви). Для каждой пары узлов существует путь – серия узлов, соединенных ветвями.

         Деревья строятся несколькими основными методами, основанными на кластерном анализе (попарных расстояний), либо теории вероятности (максимальной экономии, максимального правдоподобия, постериорной вероятности).

Достоверность (качество) такого дерева зависит от (1) корректности выравнивания, (2) корректности выбора метода построения дерева на основе матрицы данных. Нередко сомнительные участки сиквенсов (высоковариабельные) исключаются из анализа.

Общая закономерность построения деревьев такова: при большой филогенетической дистанции между ветвями способ построения слабо влияет на топологию (порядок ветвления), при малой – может быть множество вариантов топологии, зависимых от метода построения.

Более достоверной считается построение филогении не на основе одной молекулы (16S), а нескольких, т.е. на основе нескольких функционально независимых генов.

              Результаты применения филогенетической классификации к некоторым традиционным таксонам бактерий (пример: Pseudomonas).

Сложную филогенетическую структуру имеют отделы: Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria. Несколько недавно открытых отделов бактерий и архей определены на основе единственного вида.

Количество родов бактерий по наиболее дробной классификации достигает около 1000. Из них для 80 родов до сих пор не установлено отчетливое филогенетическое родство. Многие из таких родов помещены в отдел Proteobacteria. Некоторые крупные роды бактерий являются филогенетически разнородными. К ним относятся Pseudomonas, Bacillus, Clostridium.