Отдел Синергисты – Synergistetes (Synergistes).

Филогенетическое положение: Включает 11 родов, относящихся к нескольким обособленным филогенетическим линиям внутри отдела. Молекулярные маркеры: предположительно, имеют атипичный химизм внешних клеточных покровов. Окраска по Граму: отрицательная. Форма клеток: палочки или вибриоиды. Клетки обладают двухслойным (дидермным) клеточным чехлом. Отношение к кислороду: анаэробы. Отношение к температуре: Культивирование: поддержанию в культуре поддаются только некоторые представители отдела, выделенные из природных экосистем. Остальные известны на основе сиквенсов Synergistes-типа, полученных, в частности, из клинических образцов. Особенности генома: гены, ответственные за ферментативные пути синтеза липополисахаридов клеточных покровов, пока не обнаружены. Местообитания: желудочно-кишечный тракт животных (например, рубец коз); почва; нефтяные скважины; сточные воды; ротовая полость человека, включая кариозные полости, периодонтальные инфекции; желудочно-кишечные инфекции; перитонеальная жидкость человека; инфекции мягких тканей человека (абсцессы, цисты); фекалии. Предположительно, оппуртунистические патогены человека, но встречаются и как компонент нормальной микробиоты. Практическое значение: имеются виды, дающие значительный вклад в разложение илов; виды, способные к выработке биогаза при анаэробном разложении отходов; потенциальные продуценты водорода (альтернативная энергетика). Характерные виды: Synergistes jonesii.

Отдел Кальдисерики – Caldiserica. Многоклеточные филаменты CaldisericumОтдел описан в 2009 г. Включает 1 род и 1 вид, Caldisericum exile. Ранее назывался «кандидатный филум OP5». Основной маркер отдела ‒ своеобразный 16S рРНК сиквенс. Хемотаксономические маркеры: главная жирная кислота ‒ iso-C(17 : 0). Дыхательные хиноны ‒ менахинон-8(H(6)), менахинон-8(H(8)), менахинон-8(H(10)). Окраска по Граму: отрицательная. Морфология клетки: клетки соединены в нити (филаменты), снабженные одиночным полярным жгутиком. Физиология: тиосульфат-восстанавливающий (тиосульфат-редуцирующий). Восстанавливает соединения серы (тиосульфат, сульфит, элементарную серу) до сероводорода. Донор электронов неизвестен. Для роста нуждается в дрожжевом экстракте. На основе предсказанных генов, большинство путей биосинтеза аминокислот, кофакторов и нуклеотидов у микроорганизма утрачены, что предполагает его существование в окружающей среде как «падальщика».Отношение к кислороду: анаэроб. Отношение к температуре: термофил. Оптимальный рост наблюдается при +65С. Особенности генома: геном ‒ одна кольцевая хромосома, 1558 тыс. п.н., включает 1 582 предсказанных белок-кодирующих сиквенсов. Около 60% предсказанных белков наиболее близки к белкам Firmicutes, Dictyoglomi и Thermotogae. Около 9% предсказанных белков ‒ наиболее близки к белкам архей. Местообитания: выделен из горячего источника. Распространение: Япония. Отдел Термодесульфобактерии – Thermodesulfobacteria. Включает 3 рода. Морфология клетки: клетки от овальных до палочковидных. Подвижные за счет полярного жгутика или неподвижные. Физиология: восстанавливают сульфат до сероводорода. В качестве донора электронов используют водород или молочную кислоту. Органические субстраты окисляют до уксусной кислоты. тношение к кислороду: строгие анаэробы. Отношение к температуре: термофилы, диапазон оптимальных температур – 65‒70С. Культивирование: большинство представителей отдела в лабораторной культуре не поддерживаются. Местообитания: выделены из горячих источников и пластовых вод нефтяных месторождений. Наиболее известный представитель – Thermodesulfobacterium commune. Отдел Аквифики - Aquificae. Отдел предложен в 2001 г. Включает 14 родов, объединяемых в 1 класс. Окраска по Граму: грамотрицательные. Морфология клетки: палочки или нити. Неподвижные или подвижные за счет одного полярного или биполярных жгутиков. Физиология: хемолитотрофы и хемоорганотрофы. Доноры электронов – водород или органические вещества. Могут восстанавливать нитраты до аммиака, серу до сероводорода. Отношение к кислороду: аэробы, облигатные анаэробы, микроаэрофилы. Отношение к температуре: термофилы (оптимальные температуры 65‒85С). Наиболее известные роды: Aquifex, Hydrogenobacter.