Отдел Нитроспиры – Nitrospira (Nitrospirae).

Включает 3 рода (Leptospirillum, Nitrospira, Thermodesulfovibrio), относящихся к 1 классу.Филогенетическое положение: древняя филогенетическая линия, которая на филогенетических деревьях, построенных разными способами, занимает непостоянное положение.Окраска по Граму: грамотрицательные.Морфология клетки: клетки вибриоидной или спиральной формы. Род Leptospirillum – клетки подвижные, очень мелкие (до 1 мкм длиной). Род Nitrospira отличается очень широким периплазматическим пространством (в 2 раза шире, чем у других грамотрицательных бактерий); клетки неподвижны.Физиология: несмотря на малое таксономическое разнообразие внутри отдела, разнообразие метаболических путей для представителей велико. Большинство – хемолитоавтотрофы (нитрификаторы, сульфатредукторы). Leptospirillum: источник энергии – ОВ реакции с использованием ионов Fe2+ (в особенности используют сульфид железа); окисляют сульфиды по формуле FeS + O2 -> FeSO4. Nitrospira: источник энергии – ОВ реакции с использованием нитрита железа; для роста необходима морская вода; способны к переключению типов питания ‒ миксотрофии; осуществляет окисление нитритов в нитраты (нитрификацию): NO2 - + 1.5O2 -> NO3 -.Отношение к кислороду: большинство ‒ аэробы. Thermodesulfovibrio ‒ анаэробы.Отношение к температуре: термофилы (Thermodesulfovibrio).Прочие морфофизиологические особенности: имеются виды-магнетотактики – содержащие в клетках магнитные кристаллы, позволяющие выстраиваться клеткам по силовым линиям геомагнитного поля либо двигаться в магнитном поле.Местообитания: Leptospirillum ‒ ацидофилы, в основном встречаются в месторождениях сульфидных руд; Thermodesulfovibrio ‒ облигатные ацидофилы.

Отдел Деинококки (филум “Deinococcus-Thermus”). Включает 1 класс и 10 родов. Содержит 2 порядка: Deinococcales и Thermales. Молекулярные маркеры: основным маркером этого отдела служит сигнатурная последовательность 16S рДНК. Липиды содержат большое количество пальмитолеата (Deinococcales).Окраска по Граму: положительная (Deinococcales), отрицательная (Thermales).Морфология клетки: крупные неподвижные кокки в парах или тетрадах, образуют обычно красные или оранжевые колонии (Deinococcales); неподвижные, прямые палочки или нити до 200 мкм длиной; колонии желтого, оранжевого, красного цвета (Thermales).Физиология: хемоорганотрофы, метаболизм дыхательного типа, углеводы не используют (Deinococcales); гетеротрофы, некоторые виды используют нитраты или нитриты как акцепторы электронов ‒ восстанавливают соединения азота (Thermales).Отношение к кислороду: аэробы.Отношение к температуре: мезофилы (Deinococcales), термофилы (Thermales).Особенности экологии: устойчивы к радиоактивности (Deinococcales); обнаружены в горячих источниках, природных водоемах с термальным загрязнением, водонагревательных установках (Thermales). Отдел Хлорофлексы –  Chloroflexi. Обобщенно отдел можно назвать «зеленые несерные бактерии и их родственники». Включает 18 родов. Филогенетическое разнообразие внутри отдела велико, представителей относят к 6 (!) классам. Отдел включает класс Thermomicrobia, ранее считавшийся отделом.Хемотаксономические маркеры: некоторые виды образуют желтые, оранжевые, красные каратиноидные пигменты. Фототрофы содержат бактериохлорофилл c, каратиноиды, каротин.Цитология: бактериохлорофилл (если есть) находятся в хлоросомах ‒ маленьких клеточных отсеках, прикрепленных к плазмалемме, и свойственных для семейства Chlorobiaceae.Окраска по Граму: грамотрицательные или редко (часть Термомикробов) – грамположительные.Морфофизиологические типы: (1) нитчатые скользящие бактерии (длинные палочки или нити), (2) нитчатые фототрофные бактерии, (3) кокки, (4) палочки неправильной формы (плеоморфные), одиночные или в парах. Нити состоят из отдельных клеток и часто покрыты чехлом. При обильном росте нитчатые формы образуют структуры, напоминающие плодовые тела. Фототрофы (зеленые бактерии) имеют вид многоклеточных нитей неопределенной длины, содержащих септы, иногда в тонком чехле. На свету и без кислорода клетки имеют желтовато-зеленый цвет, на свету в присутствии кислорода – оранжево-красный.Физиология: фотогетеротрофы (в анаэробных условиях), хемогетеротрофы (в анаэробных условиях), хемоорганотрофы. Фотосинтез у фототрофов аноксигенный (имеется только одна фотосистема). Некоторые виды могут разлагать целлюлозу и хитин, переваривать живые клетки бактерий и дрожжей.Отношение к кислороду: строгие и факультативные анаэробы, облигатные аэробы (тогда метаболизм дыхательного типа).Отношение к температуре: мезофилы, умеренные термофилы, термофилы.Местообитания: пресные и соленые воды, сточные воды (в том числе нагретый ил), почва, навоз, горячие источники (в различных природных зонах). Термофильные виды образуют гелеобразные оранжево-красные ковры (в сообществе с цианобактериями). Мезофильные виды образуют морские микробные ковры на мелководьях или на дне неглубоких пресноводных озер.